历史上苗族没有定居的习惯,一九四六年以后,苗族从贵州咸宁迁移过来,聚居在月望乡深沟一带,随之带来了种鸡,自繁自养,并于寻甸、沾益等地苗族通婚,因此苗族农户都饲养同种类型的鸡种。而苗族聚居地一般都在山坡、菁沟旁,交通不便,很少与外界接触,都是自繁自养,相互赠送,只出售小鸡,不出售或很少出售鸡蛋。
1981年,深沟鸡载入《曲靖地区主要畜禽品种志》一书中。
2006年3月,马龙县注册了“深沟鸡”商标,并在曲靖市、马龙县建立了深沟鸡直销点,在昆明设立了专卖店,以深沟鸡为主料制作出了辣子鸡、洋芋鸡、黄焖鸡、清炖鸡、三七鸡、药膳鸡、巴夯鸡等数十种佳肴,产品供不应求,市场前景广阔。
2013年,马龙县深沟鸡种鸡场饲养种鸡2980只,年均为养殖大户孵化小鸡1800只;扶持补助养殖大户资金达10万余元,培育扶持养殖规模在100以上的大户80余户,其中养殖规模在500只以上的有8户。“深沟鸡”养殖规模已达3万只以上。
2015年,马龙县落实深沟鸡规模养殖场(户)15户,存栏深沟鸡25. 5万羽,出栏17.5万羽,实现产值3160万元。
近年来,随着近年来人们生活水平的不断提高,天然食品、低脂肪食品、特色食品越来越受到人们的追捧,马龙深沟鸡正成为马龙的一张美食名片,被越来越多的人接纳、青睐。