上海地区金瓜栽培历史悠久,传说在明朝万历年间(公元1600年前后)崇明岛已有金瓜栽培,其他县在清朝后期至中华民国初期栽培也较普遍,当时常称金瓜为珠瓜。据查,除《崇明县志》(1989年)的蔬菜种类中载有金瓜以外,《上海农业志》(1996年)载有金瓜、《上海名特优新农产品大观》(1994年)载有金瓜、《金瓜栽培与加工》(2009年1月)均有金瓜记载。
从20世纪40年代以后,上海地区仅崇明区仍有栽培,其他县金瓜栽培逐渐消失。 改革开放后,崇明金瓜开始进入市场,往市区销售。
2014年5月22日,原中华人民共和国农业部正式批准对“崇明金瓜”实施农产品地理标志登记保护。
2018年,崇明金瓜种植面积9000多亩,年产量2.2万吨,产地主要集中在建设、庙镇等地。
目前,崇明金瓜在岛上种植近万亩,遍地香蔬果专业合作社、丰绿粮食专业合作社等5家合作社联手成立金瓜合作联社,每年可种植三茬金瓜,全年供应不间断。