昭通苹果种植历史悠久,可追溯到民国十五年(1926年),法国人贾海义从欧洲引入,种植于昆明并传入昭通。此后的引进,还应该有两次:一次是民国二十七年(1938年),陇体芳引进,种植在彝良;另一次是民国三十一年(1942年),吴敬漪或者李仲举引入,种在昭阳区洒渔乡李氏庄园内,吴敬漪参与管理。
20世纪70年代初,昭通开始通过芽选选育苹果新品种,元帅180是当时芽选成果比较有代表性的品种之一,其在1978年在云南省芽选鉴评会上评定为第一名,1984年昭通地区园艺学会正式定名为“昭锦108”。
20世纪80年代初期,云南省委、省政府,昭通各级政府高度重视苹果产业的发展,开始引进富士着色系列苹果,经试种、培育、筛选、驯化出适合昭通气候、地理环境条件的“2001”、“片红富士”、“条红富士”等富士系列在永丰、洒渔、乐居、北闸等乡镇推广。
1975年底,中央农业部、外贸部、全国供销合作社在陕西省铜川市召开全国苹果外销基地建设会议上,正式批准昭通为全国苹果外销基地县。
1989年,农业部在昭通市(今昭阳区)建设优质红富士苹果生产基地2000亩,带动昭阳区苹果产业迅猛发展。
2010年11月15日,中华人民共和国农业部批准对“昭通苹果”实施农产品地理标志登记保护。
2019年11月15日,入选中国农业品牌目录。
2021年12月22日,农业农村部农产品质量安全中心发布,昭通苹果列入“2021年第三批全国名特优新农产品名录”。